不動産投資の売却でかかる税金はいくら？個人・法人の違いと節税のコツを徹底解説
不動産投資で物件を売却するときは、譲渡所得税を中心に複数の税金が発生します。所有形態（個人・法人）や物件タイプ（区分・一棟）によって税制が異なり、減価償却で取得費が目減りする点も見落とされがちです。さらに、個人オーナーでも条件次第で消費税の納税義務が生じる点には注意が必要です。
本記事では、不動産投資の売却でかかる税金の全体像と節税のポイントを整理し、売却前に確認すべきポイントを把握できる状態を目指します。
不動産投資の売却でかかる税金は大きく4種類
不動産投資の売却で発生する税金は、譲渡所得税・印紙税・登録免許税・消費税の4種類に整理できます。
| 税金の種類 | 目安金額 | 発生タイミング |
|---|---|---|
| 譲渡所得税 | 数十万〜数百万円 | 売却益の発生時 |
| 印紙税 | 200円〜48万円 | 売買契約締結時 |
| 登録免許税 | 物件1つにつき1,000円 | 抵当権抹消等の登記時 |
| 消費税 | 建物価格に応じた金額 | 課税事業者による売却時 |
なかでも譲渡所得税の影響が最も大きく、売却益の規模によっては数百万円単位の納税につながります。それぞれの中身を順番に押さえていきましょう。
譲渡所得税｜もっとも影響が大きい
譲渡所得税は売却益に対して課税される税金です。所有期間が5年を超えると長期譲渡（20.315%）、5年以下なら短期譲渡（39.63%）の税率が適用され、税額は数十万〜数百万円規模になる場合もあります。
詳しくは「不動産投資の売却にかかる譲渡所得税の計算方法」で、計算方法や節税ポイントなどを解説しています。
印紙税｜200円〜48万円
不動産売買契約書に貼付する収入印紙の代金です。契約書記載の売却金額に応じて段階的に変わり、1,000万円超〜5,000万円以下の契約書なら本則2万円、軽減措置で1万円となります（2027年3月31日まで延長）。
区分マンションでも一棟アパートでも、印紙税のレンジは同様の基準で決まります。
登録免許税｜不動産1つにつき1,000円
抵当権抹消登記にかかる登録免許税は、物件1件につき1,000円です。一棟アパートの場合、建物と土地それぞれにかかるため、合計2,000円が目安となります。
司法書士に依頼する場合は別途1〜3万円程度の報酬が発生します。
消費税｜建物部分にかかる場合あり
不動産投資の売却で見落とされやすいのが消費税です。個人オーナーでも、売却した年の2年前（基準期間）の課税売上高が1,000万円を超えていれば課税事業者となり、建物部分の売却代金に10%の消費税が課税されます。
たとえば、収益物件を複数所有していて事業用テナントの賃料収入が大きい個人オーナーや、駐車場収入を含めると課税売上高が1,000万円を超える方は、知らずに課税事業者となっているケースがあるため注意が必要です。
また、基準期間の課税売上高が1,000万円以下でも、適格請求書発行事業者の登録を受けている場合や、課税事業者を選択している場合などは、消費税の納税義務が生じることがあります。
土地の譲渡は課税事業者であっても非課税です。法人の場合も同様に、基準期間の課税売上高が1,000万円を超えていれば課税事業者となり、建物部分の売却に消費税が課税されます。
不動産投資の売却にかかる譲渡所得税の計算方法
譲渡所得税は「課税譲渡所得 × 税率」で計算します。課税譲渡所得は次の式で求めます。
以下では、計算式で使われる各項目を順に解説していきます。
税率は所有期間によって異なる
譲渡所得税の税率は、所有期間で2段階に分かれます。
| 区分 | 所有期間 | 税率 |
|---|---|---|
| 短期譲渡所得 | 5年以下 | 39.63% |
| 長期譲渡所得 | 5年超 | 20.315% |
所有期間の判定は「売却した年の1月1日時点」で行うため、実日数で5年超でも税法上は短期扱いとなるケースがあります。たとえば2021年1月に取得し2026年2月に売却した場合、実日数では約5年1か月でも、2026年1月1日時点では約4年11か月のため短期譲渡となります。長期扱いに切り替わるのは2027年1月1日以降の売却からです。
国税庁 No.3211 短期譲渡所得の税額の計算 ／ 国税庁 No.3208 長期譲渡所得の税額の計算
取得費は減価償却を考慮する必要がある
取得費は「購入価格＋取得時諸費用」から「建物部分の減価償却累計」を差し引いた額です。建物は経年で資産価値が下がるとみなされ、毎年の減価償却費が計上されていきます。
たとえば購入価格2,200万円のうち建物部分が1,100万円であれば、12年経過時点で建物の簿価は800万円台まで下がり、土地と合わせた取得費は1,900万円台まで目減りすることになります。
「購入価格と売却価格の差が大して出ていないから売却益はないはず」と思っていても、減価償却の影響で譲渡所得が膨らんでいるケースは多いため、慎重に計算しておきましょう。
譲渡費用に含められるもの・含められないもの
譲渡費用として計上できる代表項目は、仲介手数料・印紙代・測量費・立退料・解体費用などです。
一方、修繕費・固定資産税精算金・引越し費用は原則として譲渡費用に含められません。譲渡費用の計上漏れは譲渡所得を押し上げるため、領収書の管理は徹底しましょう。
不動産投資の売却でかかる税金を個人と法人で比較
不動産投資は、個人名義と法人名義で税制が大きく異なります。出口戦略の最適解を考えるうえで、両者の違いを押さえておきましょう。
個人所有の場合｜分離課税で税率固定
個人所有の不動産売却益は、給与所得や事業所得とは合算されず、譲渡所得として「分離課税」で処理されます。税率は所有期間に応じて20.315%もしくは39.63%で固定されるため、所得が高い方でも累進課税の影響を受けません。
一方で、譲渡損失を給与所得などほかの所得と通算することは原則できないため、赤字売却時の節税効果は限定的です。
法人所有の場合｜総合課税で法人税等
法人所有の不動産売却益は、法人の事業収益と合算され、法人税・法人住民税・事業税の課税対象となります。法人の実効税率は規模により異なりますが、おおむね20%台後半〜30%台前半が一般的です。
法人の場合、売却損が出ても他事業の利益と相殺でき、青色申告法人なら欠損金として翌期以降に繰り越せます（最大10年）。複数物件を保有していて売買を継続的に行う場合、法人形態のほうが税務戦略の自由度は高くなります。
個人と法人、どちらが税制面で有利か
判断軸は、保有期間・売却益の規模・他の所得状況の3点です。
- 5年超保有して売却益数百万円〜数千万円規模であれば、個人の長期譲渡（20.315%）が法人の実効税率より有利になりやすい。
- 短期で売買を繰り返す、もしくは複数物件で損益を相殺したい場合は法人有利。
- 給与所得が大きく累進課税の高い税率帯にいる方ほど、個人の分離課税のメリットが大きい。
物件規模や保有期間、他所得を踏まえ、税理士に個別シミュレーションを依頼するのがおすすめです。
不動産投資の売却にかかる税金シミュレーション
ここからは、具体的な税額イメージを掴むために、実際に不動産を売却した場合の税金を計算してみましょう。
①区分マンションを個人所有で売却した場合
手取りはローン残債等を考慮しない単純計算で、売却価格2,200万円から譲渡費用80万円と譲渡所得税113.4万円を引いた約2,006.6万円となります。
②一棟アパートを法人所有で売却した場合
法人の場合、減価償却累計と他事業の損益によって課税所得が変動するため、譲渡益自体に固定税率が適用されるわけではありません。
他事業利益を0と仮定した目安です。法人の場合は単年の損益で見るのではなく、年度全体の利益計画と組み合わせて判断する必要があります（個別条件で大きく変動）。
不動産投資の売却で損失が出たときの税金の扱い
不動産を売却する際、売却額によっては赤字になるケースもあるでしょう。以下では、赤字売却となった場合の損失の扱いを、個人・法人それぞれのケースに分けて解説します。
個人所有｜損益通算に制限あり
個人所有の投資用不動産で売却損失（譲渡損失）が出ても、給与所得や事業所得など他の所得とは原則として損益通算できません。
ただし、同年内に他の土地・建物の譲渡益がある場合は、その譲渡所得内で損失を差し引く「内部通算」が可能です。複数物件を所有するオーナーの場合、売却タイミングを年内で揃えることで節税効果が出ることがあります。
法人所有｜損金として計上できる
法人が所有する投資用不動産の売却損は、法人全体の損益に反映されます。
他事業で利益が出ていれば結果的に相殺されますし、赤字が残る場合も青色申告法人など一定の要件を満たせば、欠損金として翌期以降に繰り越せます（最大10年）。
不動産投資の売却税金を抑える節税ポイント
譲渡所得税を抑える基本は、税率が下がるタイミングを待つことと譲渡所得そのものを小さくすることです。それぞれのポイントについて、詳しく解説します。
長期譲渡になるまで売却を待つ
税率差約2倍を活用する最も基本的な節税策です。5年の判定は「売却した年の1月1日時点」である点を忘れずに、決済日を組み立てましょう。
取得費・譲渡費用を漏れなく計上する
購入時に支払った仲介手数料・登記費用・不動産取得税、売却時の仲介手数料・印紙代・測量費・立退料などを領収書ベースで集計します。減価償却累計は過去の確定申告書（不動産所得の収支内訳書）から確認できます。
【要注意】3,000万円特別控除は原則投資用には使えない
「マイホームを売ったときの3,000万円特別控除」は居住用財産限定の特例で、賃貸中の投資用不動産には適用できません。「居住用に転用してから売却すれば使えるのでは」と考える方もいますが、賃貸期間が長くなるほど居住用要件を満たしにくくなり、現実的な節税策にはなりません。
不動産投資の売却税金を把握する第一歩はまず「売却価格」を知ることから
税額の見立てには、起点となる「想定売却価格」が必要です。
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不動産投資の売却税金に関するよくある質問
不動産投資の売却税金に関する、よくある質問に回答します。
売却翌年の2月16日から3月15日に、譲渡所得の内訳書とともに確定申告書を提出します。e-Taxを使えば自宅から手続きが可能です。確定申告について詳しく知りたい方は、投資マンションの売却後に確定申告は必要？書類・書き方・期限を初心者向けに徹底解説をあわせてご覧ください。
翌年6月以降に市区町村から納付書が届きます。一括または年4回分納が選べます。会社員の方は給与天引き（特別徴収）を選ぶこともできますが、その場合は社内で売却益の存在が分かることになるため、希望者は普通徴収を選択するのが一般的です。
税率そのものは変わりません。ただし、取得費・譲渡費用の内訳、減価償却の計算、建物・土地の按分計算が異なるため、結果として税額に差が出るケースは多くあります。
同年内の譲渡所得は合算して計算します。赤字物件と黒字物件を組み合わせて内部通算できるため、売却タイミングの計画が重要です。
まとめ
不動産投資の売却では譲渡所得税・印紙税・登録免許税・消費税の4種類が発生し、特に譲渡所得税の影響が大きくなります。税率は所有期間5年（1月1日基準）を境に20.315%と39.63%に分かれるため、売却タイミングの見極めが重要です。
個人と法人で税制が大きく異なる点や、3,000万円特別控除が投資用には原則使えず減価償却で取得費が目減りする点も押さえておきましょう。
正確な税額は個別条件で変わるため、最終判断は税理士など専門家にご相談ください。
【免責表記】本コラムは情報提供を目的としたものであり、特定の不動産の売買・投資を推奨するものではありません。税制・法令は2026年4月時点の情報に基づいており、今後改正される可能性があります。実際のお取引・税務申告にあたっては、専門家にご相談ください。
